Según el Comité Científico de Riesgos Sanitarios y Medioambientales de la Comisión Europea no parece clara la ventaja a favor de la fluoración del agua en comparación con la aplicación tópica de flúor. Sin embargo, una ventaja de la fluoración del agua podría ser la prevención de caries en niños desfavorecidos de aquellos grupos socioeconómicos más bajos.
 Asimismo, el Comité señala que la ingesta de flúor del agua potable en el nivel que se da en la Unión Europea no parece obstaculizar el desarrollo neurológico y los niveles del coeficiente intelectual de los niños. Del mismo modo, en los niños existe un margen muy estrecho entre el logro de los efectos beneficiosos del flúor en la prevención de caries y los efectos adversos de la fluorosis dental.
Los estudios en humanos no sugieren efectos adversos en la tiroides con exposiciones humanas realistas al flúor y no hay ninguna evidencia nueva de estudios en humanos que indiquen que el flúor en el agua potable influye en la capacidad reproductiva masculina y femenina.
La fluoración del agua, así como las aplicaciones tópicas de flúor, por ejemplo, en la pasta dental o en el esmalte fluorado, parece prevenir la caries, principalmente en la dentición permanente, pero la aplicación tópica es la medida más eficiente.
Por otro lado, de las observaciones en varios escenarios ambientales expuestos a los niveles de flúor utili- zados para la fluoración del agua potable, el Comité Científico de Riesgos Sanitarios y Medioambientales señala que no se esperan riesgos inaceptables para el medio ambiente.